國立雲林科技大學於西元2000年與前經濟部水資源局(經濟部水利署前身)簽訂合作協議，成立水土資源及防災科技研究中心，共同致力於提昇水土保育，並進行研究、教育宣導及相 關防治等工作。由於相關水土資源防災工作繁重，為賡續相關政策之推動，爰於西元2004年與水利署共同簽署永久合作協議備忘錄，期許藉此持續扮演彰雲嘉地區水土 資源保育及防災工作之推手，逐步提昇區域水土資源環境與防災科技水準。

本中心為發展與推動多重業務，遂於西元2003及2004年分別成立行政管理、技術研發、教育推廣3組，相關執行成果除已於國內獲得肯定外，近年來亦逐步與國際接軌。且本中心於西元2008年加入亞洲大學網路環境和災害管理，與亞洲各大學協力進行環境與災害管理研究，以掌握國際發展脈絡並提升各國災害處理能力。