一、地方性目標：

• 1. 協助地方政府規劃調查、分析、保育境內水土資源。
• 2. 協助地方政府建立天然災害及人為災害防治體系。
• 3. 協助地方政府解決水土資源及防救災相關問題。

二、中央性目標：

• 1. 協助中央政府推動水土資源相關政策。
• 2. 協助中央政府建立濁水溪沖積扇水土資源管理系統。
• 3. 協助中央政府推動全國水土資源及防救災相關機制與體系建立。

三、國際性目標：

• 1. 主動提供與推廣水資源及防救災研發成果於國際。
• 2. 積極協助建立國際性水資源及防救災相關機制與體系。
• 3. 積極參與跨國性水土資源保育及天然災害和人為災害防治工作。